El Programa Colaborativo de Fitomejoramiento Participativo en Mesoamérica (FPMA) es uno de los programas pioneros en la región en relación a la participación de los agricultores en la toma de decisiones y acceso a conocimientos para el mejoramiento de variedades, además del establecimiento de alianzas entre instituciones de gobierno, organismos no gubernamentales y centros de investigación nacionales e internacionales. Los proyectos nacionales vinculados al FPMA han trabajado con los pequeños agricultores de cada país durante dos fases (200-2004, 2005-2009), conservando, caracterizando y mejorando variedades de maíz, frijol, sorgo y otros cultivos. En la III fase (2010-2014) se establece como eje fundamental el Manejo, Conservación y Desarrollo (MCD) de la Agrobiodiversidad con enfoque de Fitomejoramiento Participativo (FP). El área del proyecto la constituyen comunidades rurales de Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua, Costa Rica y Cuba.

Durante la III Fase se espera fortalecer las organizaciones de productores para el manejo conservación y desarrollo participativo, de la agrobiodiversidad y para la producción sostenible de alimentos y de semilla, además de incidir en instituciones públicas y privadas en el Manejo Conservación y Desarrollo (MCD) de la agrobiodiversidad con enfoque de Fitomejoramiento Participativo.